המבנה של מגדש -על מורכב יחסית, המורכב בדרך כלל מקטע כוח, קטע דחיסה וקטע בקרה. קטע הכוח מתייחס בעיקר למקור הכוח, כמו מנוע חשמלי או מנוע הידראולי, המניע את מגדש העל. קטע הדחיסה הוא החלק המכני הדוחס את הגז, וסוגים נפוצים כוללים בוכנות נוזליות, מדחסי צנטריפוגלים ומדחסי דיאפרגמה. קטע הבקרה אחראי להפעלה והתאמת מגדש העל, וכולל את המערכת ההידראולית, מערכת הבקרה האלקטרונית והווסת בלחץ האוויר.
